現在最も多く生産しているのはフィリピンで、海藻生産量で世界の約 80% を占める。最も普通に用いられるのはコットニー (Eucheuma cottonii) とスピノサム (Eucheuma spinosum) で、この2種で世界の生産量の約 75% である。これらは水深2メートル付近で栽培され、普通は竹の浮きの間に張られたナイロンロープに生やして、3か月ほど経って各海藻の重量が約1キログラムになったときに収穫される。
なお、コットニーは従来キリンサイ属 (Eucheuma)とされていたが、Maxwell Doty (1988) はκカラギーナンの存在によってオオキリンサイ属 (Kappaphycus) を立て、コットニーを Kappaphycus cottonii と分類している。
海藻を収穫後に乾燥し梱包して工場へ輸送する。工場では海藻をすりつぶしふるいにかけて砂などの不純物を除き、よく洗う。次に抽出、遠心分離と濾過によってカラギーナンとセルロースを分離する。できたカラギーナン溶液を蒸発によって濃縮し、乾燥して適宜すりつぶす。
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遠心分離（えんしんぶんり、centrifugation）とは、遠心機を使ってサンプルに遠心力をかけることにより、液体、固体あるいは気体を分離する方法である。
懸濁液や乳液などはろ過や抽出操作では分離することが困難であるが、遠心分離では強大な加速度が加わるために、密度差がわずかであっても遠心力がそれぞれの分散質を異なる相に分離するようにはたらき、通常では分離困難なサンプルに対しても有効にはたらく場合も多い。